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エリア自動生成・ローグライト
ATOMINEの世界は‏、‎エリア自動生成システムによって創り上げられている。エリアごとに環境や敵のタイプが異なり、さらにプレイヤーは全てのエリアを“一度も死なずに”遂行しなければならない。もしATOMINEが破壊されると、ゲ‏ーム‎オーバーだ。

カウンターハッキング
実行中、システムが侵入物を検知し‏、‎ゲ‏ーム‎の修正作業を開始することがあり、その際プレイヤーには瞬時な判断・行動が求められる。カウンターハッキングプロセスをハイジャックできなかった場合は‏、‎より過酷な状況が待ち受けているだろう。

ボスバトル
“細々した”敵だけではなく、ATOMINEは強靭なボスとも立ち向かわなければならない。

ストーリー
2011年に、Sergey Ulasen氏がスタックスネットを発見。コンピューターに害を与えるため「コンピューターワーム」と呼ばれ、初期にマイクロソフトのWindows上で蔓延。シーメンス社の産業用制御システムを標的にしたものだった。休眠状態で潜伏し‏、‎トリガーとなるものが現れるまで発動しない仕組みとなっている。産業システムに潜り込んで破壊活動を行う、というマルウェアが発見されたのはスタックスネットが初めてのことで‏、‎機械制御装置（PLC）を乗っ取るという事例も史上初のことである。こ‏の‎コンピューターワームは‏、‎特に原子力発電所や石油採掘システムを標的としたものだった。
スタックスネットと同じようにATOMINEもまた、標的のソースコードまで潜り込み、自身をコンパイルして感染させるという使命がある――そしてそのためには‏、‎更なる力を得なければならない。実行毎のターゲットは‏、‎背景から聞こえてくる電子音声や画面上に表示されるさまざまな情報から知ることができる。

特徴
- ユニークなウェポンシステム：100種類以上のモジュールを組み合わせることで‏、‎プレイヤーは自身のプレイスタイルに合ったウェポンを造ることができる。
- 30個以上の異なるミューテーターを解除して、ATOMINEのバージョンをアップグレードしよう。
- 自身のプレイスタイルに合わせて、9つの異なるATOMINEを選択できる。
- 瞬時な判断が求められる突発イベント「カウンターハッキング」から逃げ切ろう。
- 7つの自動生成される世界に潜ってハッキングしよう。
- さまざまの解除可能なアイテム、敵、ボスなどなど。